以Roche公司的454技術(shù)、Illumina公司的Solexa技術(shù)和ABI公司的Solid技術(shù)為標志的第二代測序技術(shù)被稱(chēng)為下一代測序技術(shù)(next generation sequencing，NGS)在極大降低了測序成本的同時(shí)，還大幅提高了測序速度，并且保持了高準確性，在病原微生物的快速檢測、溯源及傳染病性疾病防控等公共衛生方面發(fā)揮越來(lái)越大的作用。
454技術(shù)的發(fā)明人之一Jonathan Rothberg還發(fā)明了一種基于半導體芯片的測序技術(shù)-Ion Torrent。該項技術(shù)僅在信號檢測方面與454技術(shù)有所不同，在測序過(guò)程中不是通過(guò)檢測焦磷酸熒光顯色，而是通過(guò)檢測H+信號的變化來(lái)獲得序列堿基信息。該技術(shù)使用了一種布滿(mǎn)小孔的高密度半導體芯片，可以檢測反應池中的pH值的變化。當離子感受器感受到H+信號，H+信號再轉化為數字信號，從而讀出DNA序列。Ion Torrent相比于其他測序技術(shù)來(lái)說(shuō)，不需要昂貴的成像設備，因此，設備成本較低，測序速度快，整個(gè)上機測序可在2～3.5 h內完成，ABI公司基于Ion torrent 平臺推出的Ion Proton與S5測序平臺，通量15Gb的通量，運行時(shí)間7h，對應的病原微生物二代測序試劑盒和分析解讀軟件，實(shí)現了臨床檢測的高度自動(dòng)化和標準化。

以Oxford Nanopore Technologies的納米孔單分子測序技術(shù)和PacBio公司的單分子實(shí)時(shí)測序技術(shù)，被稱(chēng)之為第三代測序技術(shù)，其最大的特點(diǎn)是實(shí)現了對一個(gè)DNA分子的序列測定，也就是說(shuō)在測序過(guò)程無(wú)需進(jìn)行PCR反應來(lái)對模板分子進(jìn)行擴增以擴大檢測信號的強度，這就避免了PCR過(guò)程中所引入的偏差(Bias)和錯誤(Error)，實(shí)現了對特殊序列的DNA片段的測序。納米孔(nanopore)測序技術(shù)是近年來(lái)發(fā)展的最具應用潛力的測序技術(shù)，納米孔的直徑非常細小，僅允許單個(gè)核酸聚合物通過(guò)，因而可以在此基礎上使用多種方法來(lái)進(jìn)行高通量檢測。